育苗地选排水良好的平地或缓坡地，土壤疏松肥沃、富含腐殖质的砂质壤土作育苗地。于播种前整地，浅挖～10厘米深，清除地内杂物，整细整平，然后作畦（厢），畦宽1.3米，畦高10厘米，畦面覆盖约2厘米厚的细熏土，整平畦面即可播种。
一般于10～11月份采用经湿藏的种子播种，每667米2播种量1.5～2千克。播种时将种子与20～30倍的细土或干细牛马粪拌匀，再撒播，播后盖0.5～1厘米厚干细腐熟牛马粪。冬季干旱地区还需再盖1层草保湿。第二年春雪融化到出苗前，及时将覆盖物揭掉，并搭70～80厘米高的矮棚。一畦搭一棚，棚架上用松杉树枝叶均匀盖上，如盖其他阔叶树枝，最好待树枝稍干、叶子落完了再盖棚，要保证棚下有80%左右的荫蔽度。最后还是要用树枝、竹枝等编成篱笆，把育苗地拦好。
为什么要等树枝上叶子掉完了再盖棚呢？
因为黄连幼苗很小、细弱，出苗后常因顶不开落叶，会死在叶下面。在一般情况下于出苗期也要捡去落叶，帮助黄连顺利出苗。另外，阔叶树枝带叶盖棚，不易掌握透光度，初盖时看起来很密，当叶干了掉完了，会显得透光度太大，光照太强，还得再补盖树枝，增加劳动量。
播种后于第二年2月下旬就可出苗。出苗后要经常除草，做到畦内无草，当幼苗长出1～2片真叶时就可间苗，把过密的小苗、弱苗间去，使株距保持在1厘米左右。
苗期施肥以氮肥为主，当幼苗有3片真叶时，每667米2施硫酸铵5～7千克或尿素2.5～3.5千克，选晴天叶上无露水时撒施，撒后用小竹枝轻轻扫一下，使沾在叶片上的化肥颗粒掉落，不可多施，以免发生肥害。6月份可再追施1次化肥或清淡人畜粪尿。还要注意培土[8u58药材网www.8u58.com]，因产区雨水较多，黄连幼根常被雨滴冲露，应及时用细腐殖质土撒于畦面，将露出地面的根盖着，保证幼苗正常生长。
如果加强管理，幼苗生长一年就可移栽，一般于播后第三年春移栽较好。如在较低山地育苗，幼苗的生长会更快。
移栽。黄连移栽期可分三个时期。第一期在2～3月，黄连新叶还未长出前，移栽的成活率最高，生长也快；第二期在5～6月，此时黄连新叶已经长成，秧苗较大，栽后成活率也高，但不宜延至7月，因此时气温高，新叶幼嫩，栽后新叶易失水枯死，成活率低，生长也差；第三期在9～10月，此时虽也可移栽，但气温已降低，秧苗生长缓慢，根未扎稳就遇冬季严寒，也影响成活。
秧苗的质量与栽后成活率及产量有密切的关系，小苗成活率低，生长慢，产量也低。一般应选具有4片以上真叶，株高在6厘米以上的壮苗，这样的苗栽后容易成活，生长也快。栽前需将须根剪短，只留2～3厘米长，剪短后再放入水中将根上泥土洗去，这样既便于栽苗，栽后也容易成活。通常上午起苗（扯秧），下午栽种，当天的苗当天栽完，如栽不完应摊放在阴湿处，第二天栽前还要用清水浸湿后再栽。移栽行株距10～12厘米，栽深3～5厘米。
