1、品种：世界上野生灵芝104多种，目前我国对其中86种已经有了较明确的认识，还有一些品种有待于开发，而养殖灵芝目前只有9种。野生灵芝即使是在同一种灵芝中、在任何数量下都找不到两个完全相像的，而养殖灵芝从颜色、形状上都非常相像。
2、生长期：野生灵芝，除我国的赤芝、黑芝为一年生外，大多为子实体多年生植物，有的野生灵芝生长期达上百年，其药用价值更为显著，它神奇的效果为野生灵芝披上了一层神秘的色彩，而养殖灵芝多为一年生，生长期仅有二至三个月。
3、药效积累：野生灵芝生长期越久药效积累越强。而养殖的药效一代不如一代，到了第四代，养殖灵芝的药用价值微乎其微。
4、寄居物：野生灵芝大多寄居于活树干、树皮、木桩或朽木上。而养殖灵芝是长在大棚中，寄居于锯末或棉花籽上，一般以椴木为主。比如多年生的野生平盖灵芝，被称为树舌，就是在活树干上生长着，根本无法栽培。另外野生灵芝为森林有害菌，国家是不允许在森林种植的，因为树上如果有灵芝生长，树木的营养便会被其吸收，开始死亡的历程。
5、繁殖：野生灵芝是担孢子有性遗传，两个雄性一个雌性结合，方能再繁殖成另一个小的野生灵芝。而养殖灵芝是无性遗传[8u58药材网www.8u58.com]，再生长方式是通过菌丝分裂来完成的。
6、形状：野生灵芝无柄的居多，由于品种的不同形状也不尽相同。而养殖灵芝由于品种受限，目前只有一种有柄的灵芝。所以野生灵芝与养殖灵芝比较好区别。
7、农药残留：野生灵芝生长于大自然之中，没有农药及任何有害物质残留，而养殖灵芝一般生长于人工搭建的大棚之中，需要进行防腐、防虫处理，其农药残留较大。
8、有机锗与有机硒：野生灵芝中最有价值的有机锗和有机硒在养殖灵芝中根本不含。每一克野生灵芝中含有机锗800至2000微克，含有机有机硒1000至4000微克。是生长二十年野山参中有机硒含量的4~6倍。
灵芝多糖、灵芝酸（三萜类）、灵芝总碱及大量的微量元素。野生灵芝中灵芝多糖及灵芝酸的含量是养殖灵芝的三到六倍。而总三萜及大量的微量元素在养殖灵芝中的含量也远不如野生灵芝。
9、药用和营养成分含量：（各取1000克野生灵芝和养殖普芝，药理营养成分检验如下）：
类别野生灵芝养殖灵芝破壁孢子粉
有机锗无无
有机硒无无
多糖2.3%0.4%0.75%
灵芝酸155极少
总三萜100多个种类少量极少
腺苷25个种类少量极少
微量元素完全配合差异极大差异极大
其他成分150多种10多种10多种
农药残留无有大量农药残留有大量农药残留
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